不能運用高壓蒸汽滅菌器對任何有損壞性材料和含堿金屬成份的物質進行消毒，否則會導致爆破、腐蝕內膽和內部管道或損壞墊圈。
　　1.爆破物質：乙二醇二硝酸酯（硝化甘醇），硝酸甘油，硝化纖維素（硝化纖維素濾器）和一切含硝酸根的酯類。三硝基苯，黃色炸藥，苦味酸和一切易燃易爆的硝基，過氧乙酸，甲烷基，乙基，甲醇，過氧化氫，過氧化物，苯甲酰，苯甲酰基及有機過氧化物。
　　2.可燃性物質：金屬鋰、鉀、鈉、黃磷、磷、硫化物、紅磷。明膠、碳化鈣（電石）、氧化鈣（石灰），鎂粉，連二亞硫酸鈉（保險粉）。
　　3.氧化劑：氯化鉀，氯化鈉，氯化銨和其他氯化物。高氯酸鉀，高氯酸鈉，高氯酸銨和其他高氯化物（粉劑）。硝酸鉀，硝酸鈉，硝酸銨和其他硝酸物。過氧化鉀，過氧化鈉，過氧化鋇和其他無機過氧化物。亞氯酸鈉和其他亞氯化物，次氯酸鈣和其他次氯酸物。
　　4.易燃物質：汽油，乙醛（醋醛），氧化丙稀，環氧丙烷，二硫化碳，和其他燃點在-30℃～0℃間的物質。甲醇，乙醇，二甲苯，芐基，乙酸芐酯，和其他燃點在0℃～30℃之間的物質（醇類）。燈油，火油，異戊醇，乙酸（醋酸），和其他燃點在30℃～65℃之間的類似物質。
　　5.易燃的氣體：氫氣，乙炔，甲烷、乙烷，丙烷，丁烷等其他易燃氣體。